El término municipal de Zerain se ubica dentro de la vertiente cantábrica, a unos 30 kilómetros del Mar Cantábrico. El agua de lluvia se drena hasta llegar al río Oria, el cual desemboca sus aguas al Mar Cantábrico en el municipio de Orio.
La precipitación anual oscila entre 1300 l/m2 y 1500 l/m2, distribuyendo la cantidad de lluvia de manera homogénea durante las cuatro estaciones del año. Esto hace que el clima oceánico templado predomine en Zerain. Sin embargo, se percibe menos precipitación en verano en comparación con las zonas del litoral.
En cuanto a la altitud, la cota más baja del municipio corresponde a unos 220 msnm, y se eleva hasta la cota máxima de 862 msnm que posee a la cima de Oamendi. Este marcado rango altitudinal afecta directamente a la distribución de los valores térmicos y de las precipitaciónes. Por ello se diferencian dos pisos bioclimáticos principales:
- Piso colino. Corresponde a las zonas entre 0-600 msnm, lugares donde la vegetación potencial en Gipuzkoa corresponde a robledales mixtos atlánticos.
- Piso montano. Correponde a las zonas entre 600-1700 msnm, lugares donde la vegetación potencial en Gipuzkoa corresponde a los hayedos.
