Debido a los hábitats naturales y seminaturales que se desarrollan en Zerain, y teniendo además en cuenta la interesante ubicación estratégica de los montes de este municipio para la conectividad ecológica a nivel de la Comunidad Autónoma del País Vasco (CAPV), se describen a continuación las principales figuras de protección que disfruta el municipio de Zerain para favorecer el equilibrio entre la conservación de los recursos naturales y su aprovechamiento:
- Parque Natural de Aizkorri-Aratz
- Red Natura 2000: Zona de Especial Conservación de Aizkorri-Aratz
- Red de corredores ecológico de la CAPV
